网站程序挂马是一种严重的安全威胁，可能导致数据泄露、系统瘫痪和声誉损害。以下是一些有效的预防措施：
选择可靠的服务提供商
选择有良好安全记录的域名注册商和主机服务提供商，确保服务环境的安全稳定。
监控与备份
保持对DNS记录的监控，及时发现异常变化，避免DNS劫持事件发生。
定期对网站进行完整的备份，并将备份数据存储在不同的物理位置且进行加密处理。一旦遭受攻击，可以快速恢复网站运营。
加强访问控制
使用复杂的密码和多因素认证，增加账户的安全性。
避免使用默认的管理员账户名，并限制后台登录尝试次数，以抵御暴力破解攻击。
安全审计与培训
定期执行安全审计，检查是否存在新的漏洞。
对员工进行网络安全意识教育，提高他们识别钓鱼邮件等社会工程学攻击的能力。
更新与维护
确保网站所使用的CMS（内容管理系统）以及其插件和主题都保持最新版本，以减少安全漏洞的风险。
定期更新服务器和操作系统的软件，及时修补漏洞。
文件与目录权限设置
正确设置文件和目录的权限，避免恶意代码被上传到服务器。一般来说，网站文件应该设置为只读，只有在必要时才赋予额外的写权限。
使用安全工具
部署IDS/IPS（入侵检测/防御系统）来监控异常流量模式，及时发现潜在威胁。
使用专业的安全扫描工具，对网站和服务器进行定期的漏洞检测和安全扫描，及时发现和修复安全漏洞。
第三方插件管理
定期检查和更新网站使用的第三方插件、组件或框架，及时修补已知的安全漏洞。
网络安全层面
限制不必要的服务端口暴露在外网，防止暴露的服务器端口被黑客利用。
使用ECS安全组、负载均衡白名单、云防火墙等服务限制不必要的服务端口暴露在外网。
主机系统层面
使用堡垒机管理服务器的登录方式，并针对不同运维人员按照最小授权原则进行精细化授权。
为各类账号配置强密码，建议设置为8位以上，必须包括大写字母、小写字母、数字和特殊字符，并建议每隔几个月更换一次密码。建议开通多因子认证（MFA）或SSH Key凭证登录。
代码审计
如果条件允许，可以聘请专业的安全公司对网站代码进行全面审计，查找潜在的安全隐患。这有助于发现并修复那些不易察觉的漏洞。
服务器安全加固
安装安全软件，如防病毒和防篡改软件，实时监控网站文件的变化，防止恶意代码的注入。
开启防火墙和入侵检测系统（IDS），阻止未经授权的访问和攻击行为。
限制远程访问，关闭不必要的端口和服务，特别是25端口（用于发送邮件），以防止被利用发送垃圾邮件。设置严格的SSH登录策略，仅允许特定IP地址访问服务器，避免暴力破解密码。
日常维护与监控
定期查看服务器和应用程序的日志文件，及时发现异常活动。
使用日志分析工具，自动识别可疑行为并发出警报。
定期使用在线安全扫描工具检查网站是否存在已知的安全漏洞。
通过上述措施，可以大大降低网站程序被挂马的风险。然而，网络安全是一个持续的过程，需要定期评估和更新安全策略以应对新的威胁。