小程序的收费方式主要有以下几种：
固定费用
认证费用：300元/年。
服务器费用：云开发（小程序自带云开发功能）费用较低，云主机费用根据配置不同，最低配置约500元/年。域名和证书费用根据具体情况而定，域名费用约50元/年。
开发费用：根据人员配置和需求，费用在4-5人，工资约8千至1万元/月，一线城市价格更高，约4万至5万元/年。
企业版和商城版小程序：企业版1999元/年，商城版费用根据功能需求不同，最低1999元/年，买一年送一年。
按项目复杂度收费
根据项目的具体需求和复杂度，按工作量和工作难度进行收费。
按功能模块收费
根据用户所需的功能模块进行收费，适用于功能较为标准、无特殊定制需求的项目。
按时间收费
根据开发者投入的时间和精力进行收费，适用于项目周期较长、开发难度较大的项目。
成品源码
成品源代码系统价格不等，一般几千到一万多，支持功能修改和增加，且可以购买。
支付手续费
官方默认支付手续费为千分之六，但作为支付接口服务商，可以申请到更低的费率，如千分之二。
阶段性收费
按照小程序制作的不同阶段进行分期收费，包括策划、设计、开发、上线等阶段。
按工时收费
按照小程序制作过程中所耗的工时进行收费，这种方式较为灵活，但预估成本相对不够精确。
建议
明确需求：在开发小程序前，明确需求和功能模块，以便选择合适的收费方式和预算。
比较不同方案：根据项目复杂度和需求，比较固定费用、按项目复杂度收费、按功能模块收费等不同方案，选择最合适的方案。
考虑后期维护：除了开发费用外，还要考虑后期的版本更新、bug修复、性能优化等费用。
选择可靠的服务商：选择有良好口碑和服务的开发商，确保项目顺利进行和后期维护。