小程序收钱后纳税的方式如下：
通过小程序交易实现的收入
这种情况下，收入需要按照正常的收入一样交税。具体来说，商家通过小程序产生的交易，钱直接打到个人银行卡（个体工商户）或打到对公账户（企业公司），然后需要依法申报缴纳增值税费和所得税。根据最新的电商法规定，只要是通过网络进行交易的都需要缴税，小程序交易也不例外。
小程序转让
如果小程序是通过转让而实现的收入，那么这种情况按照资产转让交税。
代收款项的税务处理
如果工作室仅作为中介，代收客户支付的款项再转给甲方，且没有从中获取额外收入，那么可能无需为这笔款缴税，但需确保资金流向清晰，符合相关法律法规。若工作室从中获取了服务费或其他收入，则需按税务规定缴纳相应的增值税和个人所得税。
个人账号注册的小程序
如果小程序是使用个人账号注册运营的，每月结算选择的是企业代收，那么腾讯会代扣个人劳动报酬税，或者将结算收入全部打到企业账户，由收款企业自行纳税。
建议
依法纳税：无论通过何种方式获得收入，都需要依法申报缴纳相应的税款。建议咨询专业的财务会计或税务顾问，以确保合规操作。
保留凭证：确保所有交易都有相应的凭证，如发票、银行转账记录等，以便在税务审计时能够提供完整的证据。
了解当地政策：不同地区、行业和公司的缴税政策和税率可能有所不同，建议详细了解当地的相关规定，以确保合法合规经营。