土地纠纷的处理办法程序主要包括以下几个步骤：
当事人协商
土地纠纷首先应由当事人协商解决。协商时，双方应本着自愿、合法的原则，尽量达成一致意见。如果协商成功，可以签订土地权属协议书，该协议具有法律效力。
行政调解
如果协商不成，当事人可以向当地人民政府土地管理部门申请调解。土地管理部门在调解过程中应遵循查明事实、分清是非、明确责任的原则，并尽量促使双方达成协议。调解不成时，土地管理部门会提出处理意见，报人民政府做出处理决定。
人民政府处理
人民政府在接到处理申请后，会进行调查取证，查明事实，分清责任，并作出处理决定。处理决定应依据《土地管理法》及相关法律法规做出。
行政复议或行政诉讼
当事人对人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起行政复议或行政诉讼。在诉讼过程中，当事人应准备好相关证据，如土地权属证明等，并按照法院的要求进行庭审。
法院审理与判决
法院在接到起诉后，会进行审查，符合条件的予以受理。进入庭审阶段后，双方进行举证、质证和辩论。最后，法院根据事实和法律作出判决。
建议
在整个处理过程中，当事人应保持冷静，依法维护自身合法权益。
尽量通过协商和行政调解解决纠纷，避免直接诉诸法律，以节省时间和成本。
如果必须诉诸法律，应选择有管辖权的法院，并确保证据充分、真实，以增加胜诉的可能性。