处理套牌程序可以总结为以下几个步骤：
收集证据
一旦发现车辆被套牌，首先应该收集所有有利于证明自己清白的证据。这些证据包括车辆外观的照片、各种停车小票、高速收费小票、行车记录仪、停车场和小区的监控录像等。
报案
携带相关证件（如身份证、驾驶证、行驶证）和涉嫌被套用机动车的基本情况书面报案材料（包括违法时间、违法地点、违法行为及其他证据材料）到车辆登记所在地的交警大队或车管所报案，并填写《报案登记表》。
交警核实与追查
交警部门在接到报案后，会对案件进行核实。如果情况属实，会撤销车辆的违章记录，并录入套牌车的信息，展开进一步的追查。他们会利用道路监控、卡口数据等手段查找套牌车辆的行踪，一旦发现套牌车辆，将依法进行查处。
提交申诉
在收集到足够的证据后，可以向交管部门提交申诉，说明车辆被套牌的情况，并提供所有相关证据。申诉成功后，交管部门会开具一份车辆被套牌说明，凭此说明可以到车管所申请更换牌号。
申请更换车辆牌号
申诉成功后，交管部门会开具一份车辆被套牌说明。凭此说明，可以到车管所申请更换牌号。如果不申请更换牌号，在套牌车引发问题后，需要每次提供证明材料来证明自己的清白。
法律依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条的规定，伪造、变造或使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门将予以收缴，扣留该机动车，并处以15日以下拘留，并处2000元以上5000元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
通过以上步骤，车主可以积极应对套牌问题，维护自身的合法权益。建议车主在发现车辆被套牌后，及时采取措施，按照法律规定的流程处理，以确保自身权益得到保障。