在MATLAB中设置外部程序，通常有以下几种方法：
添加路径
打开MATLAB，在命令窗口中输入`matlabroot`并回车，以获取工具箱的路径。
将外部程序所在的文件夹添加到MATLAB的路径中。可以通过`File`菜单中的`Set Path...`选项，然后选择`Add with subfolders...`来添加路径。这样，MATLAB就能在运行时找到并执行外部程序。
编译成MEX文件
如果外部程序是用C语言编写的，可以将其编译成MEX文件。MEX文件是MATLAB和C语言之间的接口，可以直接在MATLAB中调用。具体操作步骤包括编写C代码、使用MATLAB的`mex`命令编译代码，然后在MATLAB中调用生成的MEX文件。
创建外部函数文件
可以创建一个外部函数文件（.m文件），并在其中编写外部程序的代码。确保这个文件与主脚本文件放在同一目录下，然后在主脚本中像调用其他MATLAB函数一样调用这个外部函数。
使用外部库
对于某些外部程序，可能需要使用特定的库或工具箱。例如，如果需要调用R语言程序，可以通过安装R语言的MATLAB接口（如`Rinterface`）来实现。
运行外部程序并读取输出
有些情况下，可能需要先运行外部程序并获取其输出结果。例如，可以通过在MATLAB中调用`system`函数来运行外部程序，并使用文件I/O函数来读取输出结果文件。
建议
路径管理：定期检查并更新MATLAB的路径设置，以确保外部程序能够被正确找到和调用。
编译优化：对于性能要求较高的应用，编译成MEX文件可以提高执行效率。
文档阅读：在尝试上述方法时，建议详细阅读相关文档和教程，以确保操作正确无误。