在MATLAB中运行加密程序可以通过以下几种方法实现：
使用加密工具箱
安装加密工具箱。
使用工具箱中的加密函数对程序进行加密，生成一个加密后的文件。
加密后的文件只能在拥有加密密钥的机器上运行，从而保护程序的知识产权和商业机密。
使用pcode命令
`pcode`命令可以将M文件转换为预解析版本（P文件），以提高执行速度。
P文件不能脱离MATLAB单独运行，必须还在command window里面调用，可移植性不强。
生成.exe可执行文件
将MATLAB当前目录设置至需要M程序所在的路径。
在命令窗口中输入`Mbuild –setup`选择编译器对程序进行编译。
编译后生成.exe可执行文件，该文件可以独立于MATLAB环境运行。
建议
选择合适的加密方法：根据具体需求选择最合适的加密方法。如果需要程序在多个机器上运行，生成.exe可执行文件可能是最佳选择。如果对执行速度有较高要求，可以考虑使用pcode命令。
保护密钥：确保加密密钥的安全性，避免泄露。
测试：在加密后，务必在目标机器上测试程序，确保其正常运行。
通过以上步骤，可以在MATLAB中有效地运行加密程序，保护程序的源代码和商业机密。