当发现司法鉴定程序不合规时，可以采取以下措施进行处理：
警告与责令改正
对于未取得《司法鉴定许可证》擅自设立司法鉴定机构或擅自面向社会开展司法鉴定的行为，由登记管理机关给予警告，并责令其改正。逾期不改的，予以取缔。有违法所得的，处违法所得1倍以上3倍以下的罚款，但最高不得超过人民币3万元；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
注销与罚款
对于提交虚假证明文件或采取其他欺诈手段骗取设立登记的，由登记管理机关予以注销，并处以违法所得1倍以上3倍以下的罚款，但最高不得超过人民币3万元。构成犯罪的，依法追究刑事责任。
调查与听证
调查人员会及时调查当事人违法事实，对违法事实清楚、证据确凿的，提出处罚建议并报处长。处长会及时审查调查材料和处罚建议，提出处罚意见。如果需要告知听证权利，调查人员会告知当事人听证权利，并在当事人提出听证要求时组织听证会。调查人员会拟制行政处罚决定书，报分管厅长批准，并将行政处罚决定书送达给当事人。
重新鉴定
当事人如果不服司法鉴定结论，可以向委托鉴定的人民法院书面提出重新鉴定的申请。法院经过审查不同意重新鉴定的，司法鉴定结论作为定案依据。如果重新司法鉴定程序违法，那么该鉴定结论不能够作为证据使用。
赔偿责任
司法鉴定机构对司法鉴定人违法执业或者因过错给委托人造成的损失承担赔偿责任。
行业处分
对于有违反有关法律、法规、规章规定的行为，由司法行政机关依法给予相应的行政处罚。对于有违反司法鉴定行业规范行为的，由司法鉴定协会给予相应的行业处分。
通过以上措施，可以及时纠正司法鉴定程序中的不合规行为，保障司法鉴定的公正性和合法性。