《名侦探柯南》的大结局如下：
柯南恢复原形：
柯南通过各种线索和推理，最终找到了服用APTX 4869变小的解药，成功恢复为原来的身体——工藤新一。
新兰感情确认：
新一和小兰在经历了一系列冒险和磨难后，终于坦诚相对，确认了彼此的感情，并幸福地生活在一起。
黑衣组织覆灭：
柯南联合基德博士、灰原哀和FBI一同对抗黑衣组织，最终成功击破黑衣组织。
灰原哀的牺牲：
灰原哀为了祝福新一和小兰，拿出最后一粒变小的药给小兰，并选择离开，默默守护在柯南身边。
其他角色的结局：
阿笠博士被揭露为黑衣组织的真正首脑，而毛利小五郎实际上是隐形超人，一直在默默侦查黑衣组织。最后，毛利小五郎退居二线，将少年侦探团交给了灰原哀带领。
这个结局满足了众多粉丝的期待，所有主要角色都得到了妥善的安排，故事在圆满中落下帷幕。