农村合作医疗在异地报销的流程如下：
转诊证明
在当前住院医院找到副主任以上级别的医师，开具转诊证明，并到医院的医务部盖上医院的公章。
异地就医备案
携带转诊证明、身份证、医保卡、异地就医原因等相关材料，提前向当地医保部门办理异地就医备案手续。
垫付医疗费用
在异地定点医院就诊时，可能需要先自行垫付医疗费用。
报销手续
出院后，携带以下材料到参保地医保部门办理报销手续：
住院费用清单
出院小结
费用发票
医保卡
身份证等有效证件。
即时结算
部分地区可以实现住院费用即时结算，参保人只需支付个人自付部分费用。
其他注意事项
如果当地不支持新农合异地结算，需要携带相关资料返回参保地办理报销。
建议在报销之前先咨询社保工作人员，确保手续完备，避免缺少资料。
通过以上步骤，参保人可以在异地顺利报销农村合作医疗的相关费用。