申请软件公司认定需要遵循以下步骤和流程：
注册
企业需要在软件行业协会的网站上进行注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息。
注册审核
软件行业协会将在1-2天内对注册信息进行审核，审核通过后，企业可以进行下一步的申报工作。
填报软件企业认定申请表
注册通过审核后，企业需要在网上填报软件企业认定申请表，并上传相关模板表格。企业需要核对公司名称、注册号、软件收入额、纳税额等信息，确保无误后上报。
等待审核
软件行业协会将在2-3天内对申报企业的申请进行审核。如果填报数据无误，审核将通过；如果数据出现问题，企业需要修改后重新提交。
预约交材料
审核通过后，企业需要在网上预约交材料的时间。未进行预约的企业材料将不予受理。
初审通过，等待发证
在预约的时间递交材料后，审查人员审核通过的企业将发放受理通知单。企业可以在通知单上注明的时间在网上查看审核结果，审核通过后可以领取软件企业证书。
此外，申请软件企业认定还需要提交以下材料：
《软件企业认定申请书》
企业法人营业执照副本及复印件
企业开发及经营的软件产品列表，以及企业主营业务中拥有软件著作权或专利等自主知识产权的有效证明材料
企业拥有的《软件产品登记证书》或《计算机信息系统集成企业资质证书》、与用户签订的信息技术服务合同等信息技术服务相关证明材料
经具有国家法定资质的中介机构鉴证的企业上一年度和当年度财务报表以及企业软件产品开发销售收入、企业软件产品自主开发销售收入、企业研究开发费用、境内研究开发费用等情况表并附研究开发活动说明材料
建议企业在申请过程中确保所有材料的真实性和完整性，并按照规定的流程逐步进行，以提高认定成功率。