软件公司在计算税收时，主要涉及以下税种和计算方法：
增值税
一般纳税人：销售自行开发生产的软件产品，按13%的税率征收增值税，实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
小规模纳税人：适用3%的税率，符合免税条件的小微企业可以免税。
即征即退税额的计算：即征即退税额 = 当期软件产品增值税应纳税额 - 当期软件产品销售额 × 3%。
企业所得税
税率：依据公司利润进行征收，一般企业所得税税率为25%。
税收优惠政策：符合国家政策鼓励的软件企业可能享受减免税率、抵扣税额等优惠政策。
应纳税所得额的计算：应纳税所得额 = 收入总额 - 成本 - 费用 - 损失。
其他税种
城建税：根据实际缴纳的增值税计算，税率通常为7%。
教育费附加：根据实际缴纳的增值税计算，税率为3%。
个人所得税：对于软件行业中的个体工商户，根据月营业额的不同，税率从0%到1.8%不等。
缴税流程
注册登记：
软件企业需进行税务登记，获取税务登记证。
申报纳税：
依据税收法规，定期申报纳税，提交相关财务报表。
缴税：
根据税务部门通知，完成税款缴纳。
税务管理：
建立税务档案，进行税收优惠申请等。
注意事项
软件公司在计算税收时，必须严格遵守国家的税法规定，确保合规纳税。
对于享受税收优惠政策的企业，应及时了解并申请相关优惠，以降低税负。
在进行税收计算时，应关注成本与收入的核算，确保数据的准确性。
通过以上步骤和注意事项，软件公司可以有效地计算并管理其税收负担。