面对软件侵权函告知，企业应当采取以下步骤应对：
保持冷静并初步核实情况
不要因恐慌或惧怕而着急联系对方，而是应当安排相关人员核查相关材料中的相关主体、所披露或指控的事实。
确认是否存在误装软件的情况，如果存在，可以删除后不再使用，并注意保留相关证据以备后续可能的谈判或诉讼。
谨慎回应警告函
在收到警告函的第一时间，保持冷静，避免因紧张或恐慌而做出不当回应。
以“需核实相关情况”进行初步回复，保留后续应对的主动权，并规范记录工作，包括警告函原件和送达过程的完整记录等。
深入了解并分析情况
核查内部是否存在使用侵权软件的情况，包括使用数量、合法来源等。
如果存在侵权，明确核实具体情况，评估是否必须使用这些软件以及是否有替代方案。
如果必须使用这些软件，考虑是否可以分段分时使用或将某些职能集中到一人或几人身上，以节省成本。
寻求专业法律帮助
在初步核实情况后，建议咨询知识产权专业的律师，获取更全面的信息检索和核实技巧，以及法律上的帮助判断。
律师可以帮助企业分析侵权行为的性质、可能面临的法律后果，并提供专业的应对策略。
制定并执行应对方案
根据内部核查和法律意见，制定具体的应对方案，包括立即停止侵权行为、赔偿损失、加强内部管理等。
在回复侵权告知函时，以礼貌和专业的态度对待，客观分析解释，并提出解决方案，表达歉意与合作意愿。
积极应诉
如果对方提起诉讼，企业应当积极应诉，并提供有利于自己的证据，还原案件事实，以降低损失和影响。
在整个过程中，保持与律师的密切沟通，确保按照法律程序行事，维护企业的合法权益。
通过以上步骤，企业可以更加有效地应对软件侵权函告知，降低法律风险，并维护企业的声誉和利益。