在手机刷机时保留软件，可以采取以下几种方法：
备份到电脑或其他存储设备
在刷机前，将需要的软件及其数据备份到电脑或其他存储设备上。刷机完成后，再将这些备份恢复到手机上。可以使用如360手机卫士、百贝手机助手等工具进行备份和恢复。
使用第三方备份工具
利用第三方备份工具如iTunes、OneDrive等，选择数据备份或全量备份选项，这样大部分应用和设置都会被保存下来。刷机后再通过这些工具恢复备份数据。
复制软件到特定目录
对于已经安装的软件，可以将其复制到手机的特定目录中，例如`/system/preload/`，这样即使恢复出厂设置也能保留。但此方法需要手机获得root权限，并使用如re管理器的管理器。
使用刷机软件的特殊功能
某些刷机软件如刷机精灵，在刷机过程中会提示备份应用软件和数据，刷机后可以恢复这些备份，从而保留软件。
备份到云端服务
也可以将软件和数据备份到云端服务，如Google Drive、iCloud等，刷机后再从云端恢复。
建议
提前备份：刷机前务必备份重要软件和数据，以免刷机后丢失。
选择合适的工具：根据个人需求和习惯选择合适的备份和恢复工具，确保备份过程顺畅。
注意安全性：备份数据时选择安全的地方存放，避免数据泄露或被意外删除。
通过以上方法，可以在手机刷机时有效保留软件，确保个人数据和软件不受损失。