软件公司判断侵权主要依据以下三个标准：
实质性相似加接触
实质性相似：被控侵权软件与权利人的软件在表达方式上存在相同或实质性相似。这需要通过源代码比对等方式来确定，考虑软件的核心部分、指向性表达、特别定制内容以及错误表达等因素。
接触：侵权人在开发软件时接触过权利人主张权利的计算机软件或者存在接触的可能，且侵权人不能说明合法来源。
代码结构比对
专业的技术人员会通过比对侵权软件与被侵权软件的代码，查看是否存在大量相似的代码段。如果相似之处过多，则暗示着侵权的可能。
界面设计与功能实现
软件的界面设计，包括布局、色彩搭配、图标设计等，如果高度相似，也可能构成侵权。
软件的功能实现方式，如果采用了与被侵权软件相似的核心算法，也可能被认定为侵权行为。
使用场景和用户群体
如果侵权软件在使用场景上与被侵权软件高度重合，且面向的用户群体也相同，那么这也增加了侵权的嫌疑。
其他考量因素
行为的目的和性质，例如是否为了个人学习、研究或欣赏而合理使用他人作品，或者是为了商业目的而大量使用他人作品且未经授权。
时间因素，例如侵权行为的实施时间是否在权利人作品发表之后。
法律依据
《民法典》第1194条规定，网络用户、网络服务提供者利用网络侵害他人民事权益的，应当承担侵权责任。
《计算机软件保护条例》第二十三条列举了多种侵犯软件著作权的行为，并规定了相应的民事责任。
通过上述标准，软件公司可以较为准确地判断是否存在软件侵权行为，并采取相应的法律措施维护自身权益。