软件著作权区分不同软件的主要依据包括以下几个方面：
保护目的
软件著作权：保护软件开发者对软件作品的表达形式所享有的权利，包括源代码、目标代码和相关文档。它确保软件开发者对其软件作品的复制、发行、传播等权利，阻止他人未经授权的使用。
专利权：保护软件中所蕴含的具有创新性的技术方案，关注软件的技术构思和功能实现方式。如果软件在算法、数据处理流程等方面有新的突破，可以通过专利来保护这种技术创新，防止其他企业或个人在未经许可的情况下使用相同的技术。
保护范围
软件著作权：保护软件作品本身的特定表达。对于相同功能但不同代码编写的软件，只要各自独立创作，都可能分别获得著作权。
专利权：保护范围围绕着专利技术方案所界定的范围。如果其他软件使用了专利技术中的核心算法或流程，即使代码实现方式有所不同，也可能构成侵权。
法律依据
软件著作权：依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》进行保护。
专利权：参照《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章“涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题”。
保护期限
软件著作权：保护期为作者终生及其死亡后50年，如果是法人或其他组织的作品，则为首次发表后50年。
专利权：保护期限通常为20年。
维护费用
软件著作权：用户自愿进行软件著作权登记，登记的目的在于体现公证的效力，同时也是后续维权时的有力证据。
专利权：必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请。
保护客体
软件著作权：保护软件的表现形式，如源代码、目标代码、用户手册等，不保护思想。
专利权：保护发明创造，包括产品、方法或其改进的技术方案，保护具有新颖性、创造性和实用性的技术方案。
通过以上几个方面的区分，可以明确软件著作权和专利权在保护对象、目的、范围、法律依据、保护期限和维护费用等方面的不同。软件著作权主要关注软件的具体表达形式，而专利权则关注软件的技术创新。两者结合可以为软件创新提供更全面、持久的保护。