软件企业认证的申请流程如下：
注册与登录
企业首先需要在软件行业协会的网站上进行用户注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息。
填报申请表及相关材料
注册成功后，企业需要在网上填报《软件企业认定申请表》，并上传相关的证明材料，如企业营业执照、软件著作权证书、软件产品登记证书等。
等待审核
软件行业协会在收到企业提交的申请后，通常会在2-3天内完成审核。如果填报数据无误，审核将通过；如果数据存在问题，企业需要按照要求进行修改。
预约交材料
审核通过后，企业需要在网上预约提交材料的时间。未进行预约的材料将不予受理。
提交纸质材料
预约成功后，企业需要将纸质申请材料递交至相关部门指定的受理窗口。
专家评审
提交材料后，相关部门会对申请材料进行形式审查，审查通过后，申请将进入专家评审环节。评审专家将对企业的认定条件、技术能力、知识产权等方面进行评估，并形成评审意见。
公示与发证
评审结束后，相关部门会公示认定结果。如公示无异议，则颁发软件企业认定证书。企业可以在公示结束后前往相关部门领取证书。
建议企业在申请过程中确保所有材料的真实性和完整性，并按照规定的流程进行操作，以确保申请顺利进行并按时获得认证证书。