软件企业计算毛利的方法如下：
基本计算公式
毛利 = 收入 - 成本
详细构成
收入：包括软件销售收入、服务收入、订阅收入和其他收入。
成本：包括直接成本和间接成本。
直接成本：开发人员工资、硬件设备费用、软件工具费用、外包费用。
间接成本：租金、水电费、办公用品等。
考虑因素
产品价格、原材料价格、管理成本、营销成本等。
增值税和企业所得税等税费。
示例计算
假设某软件企业的销售收入为100万元，直接成本为60万元，间接成本为10万元，增值税率为13%，企业所得税率为5%。
毛利 = 100万元 - 60万元 - 10万元 = 30万元
毛利率 = （30万元 / 100万元） × 100% = 30%
增值税额 = 100万元 × 13% = 13万元
企业所得税额 = （30万元 - 13万元） × 5% = 0.85万元
加税后的毛利 = 30万元 - 13万元 - 0.85万元 = 16.15万元
加税后的毛利率 = （16.15万元 / 100万元） × 100% = 16.15%
通过以上步骤和公式，软件企业可以准确地计算出毛利，并进一步分析企业的盈利能力和经营状况。建议在实际应用中，企业还需根据自身具体情况调整计算方法和参数，以确保数据的准确性和有效性。