软件分部门核算的方法如下：
设置部门核算功能
在财务软件中，如用友T3或金蝶，首先需要在软件的设置菜单中找到“部门核算”功能并选择进入。
部门设置
在部门核算页面，可以通过“添加”按钮逐一添加部门，或者通过文件导入的方式进行批量添加。
对于中大型企业，可以根据企业的组织架构进行分类，如财务部、销售部、生产部等。
科目设置
针对不同部门的经济活动需求，对会计科目进行专门设置。例如，为销售部门设置销售费用科目，为生产部门设置生产成本科目等。
预算和成本核算
在“部门管理”界面，添加企业各个部门及其负责人，并进行部门预算或成本核算。将各部门的成本支出、收入、利润等信息填写到相应的表格中，通过系统自动计算，最后生成各个部门的核算报表。
报表生成与分析
利用财务软件中的报表控制模块，自动生成各种财务报表，如部门成本表、部门收入表、部门利润表等。用户可以根据需求进行定制化打印，选择打印日期、统计口径等细节。
权限控制
设置权限控制，以控制企业在报销、费用报销等一系列操作中的权限，确保数据的安全性和准确性。
费用核算
将不同部门的费用进行核算，让企业能够清楚了解费用的使用情况，实现准确的成本控制和经营决策。
通过以上步骤，企业可以通过财务软件实现分部门核算，从而提高财务管理的精细度和效率，为企业的经营决策提供有力的数据支持。