软件合同的结算方式通常包括以下几个步骤：
预付款
在合同签订后的一定工作日内，甲方需向乙方支付合同额的一定比例作为预付款。例如，合同签订后7个工作日内支付合同额的30%作为预付款。
进度款
软件经甲方验收合格后，甲方需支付一定比例的进度款。例如，验收合格后支付合同额的40%。
有些合同规定每个付款周期结束后，甲方需提交进度报告，乙方根据进度报告支付相应比例的进度款。
尾款
软件经甲方验收合格并正常运行一年后，甲方需支付剩余的款项。例如，验收合格一年后支付合同额的30%。
有些合同规定在项目正式验收合格后，乙方需支付剩余款项。
额外费用
如双方在合同履行过程中发生额外费用，需经双方协商一致，并按实际发生额予以结算。
违约金
若一方未履行合同义务，另一方有权要求支付违约金。例如，甲方未按时支付款项，需支付合同总价款的10%作为违约金。
知识产权条款
软件验收合格后，乙方需向甲方提供完整的项目资料和相应的知识产权文件。
合同结算流程
合同结算通常在项目完成后进行，通过合同管理系统进行结算。例如，登录项目管理系统，选择合同管理->支出合同->合同结算，填写相关信息后提交审核。
税务处理
乙方在收到每笔款项后的5个工作日内，需向甲方提供增值税专用发票。
建议在签订软件合同时，双方应详细列出各项付款条件、金额及时间表，并在合同执行过程中严格按照约定进行结算，以确保双方权益。