数控软件服务费抵扣的操作步骤如下：
购买软件服务时的会计分录
购买软件服务时，企业需要做如下会计分录：
借：应付账款 xxx元
贷：现金 xxx元
抵扣软件服务费的会计分录
在进行抵扣时，企业需要做如下会计分录：
借：应付账款 xxx元
贷：软件服务费 xxx元
准备抵扣所需的证明及资料
企业在进行技术服务费用抵扣研发费用支出时，需要准备以下证明及资料：
技术服务费发票
技术服务合同
开发计划
项目进度报告
增值税专用发票的抵扣
企业收到的增值税专用发票是可以抵扣的，税率取决于技术服务费发票上注明的税率，一般是6%（前提是对方也是一般纳税人）
年费的抵扣
每年收取的年费作为正常收入，也可以正常抵扣，税率与上述相同
税控设备的抵减
注意，购买的增值税税控系统专用设备仅初次可以抵减，如果丢失或损毁重新购买则无法抵减。初次购买的增值税税控系统专用设备包括分开票机，因此可以抵减
建议
确保合规性：在进行抵扣前，务必确保所有操作符合《企业会计准则》和税法规定。
妥善保管资料：准备好所有必要的证明及资料，以便在税务机关审核时能够及时提供。
及时申报：按时进行抵扣申报，避免错过抵扣时限。
通过以上步骤，企业可以有效地将数控软件服务费进行抵扣，从而减少应缴税款，提高企业的财务效益。