软件企业扣除教育经费的方式如下：
全额扣除职工培训费用
软件生产企业发生的职工教育经费中的职工培训费用，可以根据《财政部国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税〔2008〕1号）规定，全额在企业所得税前扣除。
单独核算职工培训费用
集成电路设计企业和符合条件的软件企业的职工培训费用，应单独进行核算，并按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。
按工资薪金总额8%的比例扣除余额
对于不能准确划分的职工教育经费，以及准确划分后职工教育经费中扣除职工培训费用的余额，一律按照工资、薪金总额8%的比例扣除。
具体计算示例
假设软件企业工资薪金总额为240万元，实际发生的职工教育经费为36万元，其中培训经费为20万元：
可以全额扣除的培训经费为20万元。
剩余的16万元职工教育经费，按照工资薪金总额的8%比例扣除，即240万元 × 8% = 19.2万元。
因此，总的允许扣除的职工教育经费为20万元（全额培训费） + 19.2万元（剩余部分按8%扣除） = 39.2万元。
建议
软件企业在计算企业所得税时，应单独核算职工培训费用，并确保培训费用符合相关政策规定，以确保能够全额扣除。
对于无法准确划分的职工教育经费，企业应按照工资薪金总额的8%比例进行扣除，以充分利用税收政策。