黑衣组织在《名侦探柯南》中首次正式出场是在 第129集，名为《铁路警察组织杀人事件》。在这一集中，黑衣组织的成员铃木心春首次亮相，并为组织执行了任务。
此外，黑衣组织在其他几集中也有出场，包括但不限于以下几集：
第54集《电玩公司杀人事件》
第118集《浪花连续杀人事件》
第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》（部分情节为动画原创）
第176至178集《与黑衣组织的再会》
第230集《神秘的乘客》（前篇）
第231集《神秘的乘客》（后篇）
第271集《急忙掩饰的忽略》（前篇）
第272集《急忙掩饰的忽略》（后篇）
第286至288集《工藤新一纽约事件》
第289至290集《光彦森林迷失记》
第307至308集《遗留的无声证言》
第309至311集《与黑衣组织的接触》
第340至341集《厕所里隐藏的秘密》
这些集数中，黑衣组织的成员在不同的情节中扮演了重要角色，推动了剧情的发展。