代扣代缴个人所得税手续费返还是指企业作为扣缴义务人，在代扣代缴员工个人所得税时，可以从税务机关按照所扣缴税款的一定比例（通常为2%）取得返还的手续费。这笔手续费作为企业帮助税务机关代扣代缴个人所得税的劳务费用，有以下几个关键点需要注意：
增值税处理
企业取得的个税手续费返还收入应单独核算，并计入“其他收益”或“营业外收入”。
手续费返还属于增值税征收范围，应按商务辅助服务-经纪代理服务征收增值税。一般纳税人适用6%的税率，小规模纳税人适用3%的征收率（2027年12月31日之前可享受减按1%的征收率）。
企业所得税处理
手续费返还收入应并入企业年度收入总额中，依法计算并缴纳企业所得税。
用于该项工作的支出也可以按规定税前扣除。
个人所得税处理
根据《财政部 国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字〔1994〕20号），个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费暂免征收个人所得税。
申请流程
企业需登录自然人电子税务局（扣缴端），在“代扣代缴”界面选择左侧的“退付手续费核对”，然后按照提示步骤操作，包括获取结报单、确认结报单、申请退库等，最终将返还的手续费退到企业指定的银行账户。
涉税情况
增值税：企业代扣代缴个人所得税取得的手续费属于增值税征收范围，应按商务辅助服务-经纪代理服务征收增值税。
企业所得税：个税手续费返还不属于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金等不征税收入，应并入纳税人年度收入总额计算缴纳企业所得税。
建议：
企业在处理代扣代缴个人所得税手续费返还时，应严格按照相关税收法规进行核算和申报，确保税务处理的准确性和合规性。同时，企业应妥善保管相关凭证和资料，以备税务机关查验。