反间谍工作的主管机关是 国家安全机关。国家安全机关是掌管对外情报和反间谍工作，担负保卫国家安全的专门机关。中国的国家安全工作原统由公安机关负责，但反间谍工作的主管机关是国家安全机关。国家安全机关在反间谍工作中依靠人民的支持，坚持群众路线，积极防御，并且依法行使侦查、拘留、预审和执行逮捕的职权。此外，省国家安全机关主管本省行政区域内的反间谍工作，省国家安全机关派出机构在其管辖区域内依法承担反间谍工作职责。