工程招标代理费的收费标准主要依据《国家计委关于印发的通知》（计价格〔2002〕1980号），并采用差额定率累进计费方式。具体收费标准如下：
中标金额100万元以下
货物招标：1.5%
工程招标：1%
服务招标：1.5%
中标金额100-500万元
货物招标：1.1%
工程招标：0.7%
服务招标：0.8%
中标金额500-1000万元
货物招标：0.8%
工程招标：0.55%
服务招标：0.45%
中标金额1000-5000万元
货物招标：0.5%
工程招标：0.35%
服务招标：0.25%
中标金额5000-10000万元
货物招标：0.25%
工程招标：0.2%
服务招标：0.1%
中标金额10000-100000万元
货物招标：0.05%
工程招标：0.05%
服务招标：0.05%
中标金额1000000万元以上
货物招标：0.01%
工程招标：0.01%
服务招标：0.01%
此外，如果单独提供编制招标文件（有标底的含标底）服务，可以按规定标准的30%计收。
计算示例：
假设某工程招标代理业务的中标金额为6000万元，则招标代理服务收费额计算如下：
100万元 × 1.0% = 1万元
（500-100）万元 × 0.7% = 2.8万元
（1000-500）万元 × 0.55% = 2.75万元
（5000-1000）万元 × 0.35% = 14万元
（6000-5000）万元 × 0.2% = 2万元
合计收费 = 1 + 2.8 + 2.75 + 14 + 2 = 22.55万元
这些标准适用于招标代理服务全过程的收费，包括编制招标文件、投标、开标、评标、定标等环节。建议在实际操作中，根据具体项目的中标金额和招标代理服务的具体内容，参照上述标准进行费用计算。