如果增值税专用发票遗失，应采取以下步骤处理：
报告税务机关
纳税人发现增值税专用发票丢失后，应立即向主管税务机关书面报告，并在当地报刊上刊登声明作废。
获取记账联复印件
若发票联和抵扣联同时丢失，企业需要联系供应商，取得加盖销售方发票专用章的发票记账联复印件。
若仅丢失抵扣联或发票联，可使用相应发票的复印件作为记账凭证，无需加盖销售方的发票专用章。
获取《丢失增值税专用发票已报税证明单》
如果发票在丢失前已经认证相符，购买方可凭销售方提供的记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
如果发票在丢失前未认证，购买方需先进行认证，认证相符后，再凭记账联复印件和销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为抵扣凭证。
电子发票的处理
在全国实行数电发票后，如果发票丢失，可以直接以取得的电子发票重新打印。建议建立电子发票登记簿，并将抵扣的电子发票打印出来备查。
注意时效
丢失的增值税专用发票如果超过90天将不能用于抵扣进项税额，企业需按规定将价税合计记入库存商品成本。
内部管理和记录
企业应加强内部管理，防止发票丢失，并对丢失的发票进行详细记录，以备税务机关查验。
通过以上步骤，企业可以妥善处理增值税专用发票的丢失问题，确保增值税抵扣链条的完整性和企业的合法权益。