陈行甲辞职的幕后原因主要有以下几点：
反腐压力与上级领导的打压
陈行甲在巴东县通过改革取得了显著成绩，特别是在反腐方面，他成功拿下了87名贪官，这可能引起了上级领导的不满和打压。据他自述，他遭受了两位上级领导的镇压和压力，不得不被迫离职。在一次作业汇报会上，州委书记对他进行了侮辱性的对待，这让他感到深深的屈辱和绝望。
个人健康问题
陈行甲在自己的书中提到，他因为承受巨大的压力，患上了焦虑症。他意识到，如果他继续留任，可能会对巴东县的发展产生负面影响，而无论是受到歧视还是全面压制，他都无法继续工作。
理想与现实的冲突
陈行甲在辞职信中表达了自己对官场环境的不满和对理想的坚持。他认为，在这样的环境下，他的理想和信念正受到严重挑战。他厌烦了戴着面具做人、做官，选择离开官场是为了追求内心的平静和自由。
对巴东县发展的焦虑
陈行甲对巴东县的落后和大面积腐败感到焦虑。他深知自己作为县委书记，有责任改变巴东县的落后面貌，带领全县人民脱贫致富。然而，面对巨大的压力和挑战，他感到力不从心。
综上所述，陈行甲辞职的原因是多方面的，包括反腐压力、上级领导的打压、个人健康问题以及理想与现实的冲突。他的辞职既是一种选择，也是一种无奈，是思想与灵魂激烈斗争、理想与现实激烈碰撞的必然结果。