办理医疗机构执业许可证的流程如下：
提出申请
向所在地的县级卫生健康行政部门提交完整的申请材料，包括但不限于《设置医疗机构申请书》、《医疗机构名称核定申请书》、《医疗机构分类性质申请书》、设置可行性研究报告、选址报告和建筑设计平面图等。此外，还需要提供医疗机构用房产权证明或者使用证明，以及医疗机构规章制度等。
受理审核
卫生健康行政部门将对申请材料进行审核，并可能进行现场审查。窗口服务工作人员会核实申请资料，并现场做出受理决定。如果材料完善且符合标准，将给予受理，并出具《行政许可申请受理通知单》。如果材料不完善或不符合规定形式，工作人员会在现场或在5天内一次性通知申请者需要补正的内容，补正后给予受理。
整改完善
如审核中发现不符合要求的部分，需按照要求进行整改。申请者需要确保所提供的材料真实有效，并符合当地卫生健康委员会的相关规定。
审查与发证
职能部门会在45个工作日内对递交的资料进行审查。如果审查通过，会出具《医疗机构执业许可证》。如果审查不通过，会出具《不予行政许可决定书》。
领取结果
申请者按约好的形式到市行政服务中心取证窗口自提或以快递的形式领取《医疗机构执业许可证》或《不予行政许可决定书》。
建议
提前准备：确保所有申请材料齐全且真实有效，提前准备好所有必要的文件和证明。
及时跟进：在提交申请后，保持与卫生健康行政部门的沟通，及时跟进审核进度和整改要求。
遵循流程：严格按照上述流程进行操作，确保每一个环节都符合规定，以提高申请成功率。