"内涵段子"被封禁的主要原因是其内容存在导向不正、格调低俗等突出问题，引发了网民的强烈反感。根据国家广播电视总局的公告，"内涵段子"客户端软件和相关公众号在传播过程中出现了导向不正、格调低俗等问题，这些内容不仅违反了相关法律法规，也严重影响了网络视听节目的传播秩序和互联网空间的视听环境。为了维护网络环境的清朗，总局依据相关法律法规，责令"内涵段子"永久关停客户端及公众号。
此外，"内涵段子"在内容上也存在一些问题，如过分低俗、鱼龙混杂的信息、固定的发言形式以及涉及政治敏感话题等。这些问题不仅影响了用户体验，也对社会风气和价值导向产生了负面影响。
在"内涵段子"被关停后，其运营商北京字节跳动科技有限公司也进行了反思，并承诺将举一反三，全面清理类似视听节目产品，以符合法律法规和社会道德标准。同时，公司创始人张一鸣也公开致歉，承认公司在增长和规模扩张过程中忽视了质量和责任，没有充分重视引导用户获取正能量信息。