秦始皇的后代在历史上有明确的记载和多种说法，以下是详细内容：
扶苏
扶苏是秦始皇的大儿子，被立为太子，并接受良好的教育。他因劝谏父亲秦始皇反对坑杀术士而被派到上郡修长城。秦始皇死后，遗诏让扶苏回咸阳继承帝位，但扶苏最终未能即位，其子在历史上被称为秦三世。
子婴
扶苏的儿子，即秦三世，在秦始皇死后本应继承皇位，但秦朝在他在位期间迅速灭亡。
嬴姓后裔
嬴姓作为秦始皇的本姓，部分族人历经岁月变迁，仍传承至今。尽管在秦朝灭亡后，嬴姓逐渐稀少，但仍有部分后裔保留了这一古老的姓氏，并在历史上保持一定的影响力。
秦姓后裔
部分秦始皇的后代为了纪念家族的辉煌历史，可能改以国号“秦”为姓。这些秦姓后裔在历史的长河中延续着家族的记忆。
赵姓后裔
由于秦始皇的母亲是赵姓，一些秦始皇的后代可能为了避免迫害而改用母姓。这部分人主要逃往了赵国的故地，今天的河北省。
其他姓氏
一些资料显示，秦始皇的一位可能的后代在逃离混乱的秦朝后，改姓田，并远赴日本。这位后代在日本定居并繁衍后代，田姓因此在日本相当普遍。此外，还有“银”姓和“寅”姓与秦始皇的后裔相关的可能性。
综上所述，秦始皇的后代在历史上有明确的记载和多种说法，尽管秦朝灭亡后，他们的命运发生了巨大的变化，但仍有部分后裔通过各种方式传承着家族的血统和记忆。