工程款发票的税率主要取决于纳税人的身份和计税方法。具体税率如下：
一般纳税人
选择简易计税法和小规模纳税人：增值税税率为3%，开具增值税普通发票。
选择一般计税法：增值税税率可能为9%（适用一般计税办法）或3%（适用简易计税办法），需要开具增值税专用发票。
小规模纳税人
增值税征收率为3%。
此外，工程款发票还可能涉及以下附加税：
城建税：按增值税的7%征收。
教育附加费：按增值税的3%征收。
资源税：为工程款的千分之二。
印花税：为工程款的万分之三。
防洪基金：具体税率由各地地方税务局制定，一般不超过万分之五。
建议根据具体情况和当地税务机关的规定，选择合适的计税方法和税率，以确保合规开票和纳税。