九头虫的来历有多个说法，以下是几种较为可信的解释：
九凤神鸟鬼车
九头虫最早可能来源于上古神话中的九凤神鸟，别名九头鸟。九凤是一种红色的巨鸟，有九个头，昼盲夜了，遇到阴晦时会飞鸣而过，并且喜欢进入人家烁人魂气。九头虫有时也被称为鬼车，是上古巨兽之一。
万圣龙王的上门女婿
在《西游记》中，九头虫是乱石山碧波潭万圣龙王的上门女婿，其本体是有九个头的凤。他手持一柄月牙铲，神通广大。因下血雨盗取祭赛国宝珠，与孙悟空师兄弟发生冲突，最后被二郎神和孙悟空联手击败，被哮天犬咬掉一颗头颅，逃亡后不知所踪。
现实中的九头虫
有观点认为，九头虫并非完全是虚构的怪物，而是根据现实中的九头虫进行改编。现实中的九头虫是一种昆虫，又称九龙虫或洋虫，分布于东南亚各国和中国的华南、华东地区，是温带、热带地区蛀食仓库粮食的害虫之一。
与相柳的联系
有人认为九头虫与相柳有关，相柳原九头，被黄帝轩辕用剑斩下一头后，成为八头，与八岐大蛇相似。但这一说法的可信度较低，因为相柳是蛇怪，而九头虫是飞禽。
综合以上信息，九头虫的来历主要与上古神话中的九凤或鬼车有关，在《西游记》中，他又是万圣龙王的上门女婿，并因此与孙悟空等产生了故事。这些不同的说法为九头虫的形象增添了丰富的背景。