《变形金刚3》女主角换人的原因主要是因为梅根·福克斯与导演迈克尔·贝之间的矛盾和冲突不断升级。具体原因如下：
言论争议：
梅根·福克斯在宣传《变形金刚2》时发表了一些不当言论，认为在这部电影中不需要演技，因为导演迈克尔·贝只重视特效。之后，在宣传另一部新片时，她又痛骂与迈克尔·贝合作是噩梦。这些言论激怒了迈克尔·贝，导致他在官方宣布换角之前就抢发声明，宣布梅根·福克斯不会出演《变形金刚3》，并祝影片取得成功。
工作态度：
有消息称，梅根·福克斯在拍摄前两部《变形金刚》时脾气不好，而且只要是在电影中继续演男主角的女朋友，就少不了让她做些搔首弄姿的动作。她曾明确表示想演一些强而有力的角色，而不是仅仅作为花瓶。
年龄和形象：
随着梅根·福克斯知名度的提升，她的要求也提高了，可能不再适合继续拍摄这种类型的电影。同时，观众可能更喜欢年轻的演员，这也成为换角的一个原因。
综合以上几点，可以得出结论：梅根·福克斯与导演迈克尔·贝之间的矛盾是导致《变形金刚3》女主角换人的主要原因。