分子和原子的本质区别在于 它们的构成和性质。
构成
原子：原子是构成物质的最小单位，由质子、中子和电子组成。质子和中子位于原子核中心，电子绕核运动。原子在化学反应中保持不变，不能再分解成更小的粒子。
分子：分子是由两个或多个原子通过化学键结合形成的。分子具有一定的空间结构和稳定性，可以进一步分解成原子。例如，水分子（H2O）由两个氢原子和一个氧原子组成。
性质
原子：原子的性质主要取决于其内部的电子结构，如氢原子只有一个质子和一个电子，呈中性；氦原子有一个质子和两个电子，也呈中性。原子通过共享或转移电子来形成化学键，从而保持其化学性质的稳定。
分子：分子具有不同的性质，如颜色、气味、熔点、沸点等，这些性质是由于分子内部电子的运动和相互作用所引起的。分子在化学反应中可以发生断裂和重新组合，从而改变其性质。
相互作用
原子：原子在化学反应中不直接参与反应，但可以通过失去或获得电子来影响反应过程。例如，氯离子（Cl-）可以通过接受钠离子（Na+）的电子而形成氯酸根离子（ClO3-），参与盐酸的反应。
分子：分子之间通过共价键、氢键、范德华力等方式相互作用。共价键是最常见的化学键类型，由两个原子共享电子对形成；氢键是一种介于范德华力和静电相互作用之间的作用力，通常发生在水分子和其他极性分子之间；范德华力是另一种非共价作用力，主要影响固体物质的结构和性质。
化学反应
原子：原子是化学反应的基本单位，因为它们不能再分解成更小的粒子。在化学反应中，原子通过共享或转移电子来形成新的化学键，从而改变其化学状态。
分子：分子在化学反应中起到催化、传递能量和产生化学产物的作用。例如，在燃烧过程中，氧气分子（O2）与燃料分子（如碳氢化合物）发生反应，产生二氧化碳和水等产物。
综上所述，分子和原子的本质区别在于它们的构成（分子由多个原子组成，原子是基本单位）和性质（分子具有特定的空间结构和化学性质，原子具有稳定的电子结构）。