股权变更印花税是按照转让股权的价款计算，税率为万分之五。股权转让的双方都需要缴纳印花税，而且印花税的计税依据是产权转移书据所列的金额，不包括列明的认缴后尚未实际出资权益部分。
具体来说，如果购买股权的人A按照成交价格缴纳印花税，万分之五；出售股权的人B如果以大于其初始投资数额出售，则其差额需要按照“财产转让所得”依20%的税率缴纳个人所得税，同时还需要按照成交价缴纳印花税，万分之五。
对于个人股东转让股权，需要缴纳20%的个人所得税和印花税（0.5‰）。个人所得税的计算基础是一次转让股权的收入额减除财产原值和合理费用后的余额。而印花税则是对签订股权转让合同的双方征收，税率是万分之五。
在申报缴纳股权转让印花税时，纳税人应当自纳税义务发生之日起十五日内申报缴纳税款，通常是在签订股权转让协议的十五日内。
综上所述，股权变更时，双方都需要根据股权转让的价款缴纳万分之五的印花税。如果是个人股东，还需要额外缴纳20%的个人所得税。纳税义务发生时间为签订股权转让协议的日期，纳税人需要在规定的时间内完成申报和缴纳。