宝马X2编程后自动启停失效可能有以下原因：
发动机机舱温度过高或过低：
自动启停系统无法在极端温度下正常工作。
电瓶储电量不足：
电量不足会导致自动启停系统无法正常启动。
停车后转动方向盘、紧急刹车或倒车：
这些操作会导致自动启停系统失效。
自动空调未达到预设温度：
空调温度未达设定值也会影响自动启停系统的启用。
误按自动启停系统的关闭按钮：
误操作可能导致系统被关闭。
车辆为手动挡：
在手动挡车辆中，自动启停的启用条件更为复杂，需要满足挂空挡、拉手刹、松离合等动作。
针对以上原因，可以采取以下排查和解决措施：
检查发动机温度：
确保发动机达到正常工作温度，如果发动机温度过低，可以尝试预热发动机。
检查电瓶电量：
确保电瓶电量充足，如有必要，及时充电或更换电瓶。
避免急刹车和急转向：
停车时避免转动方向盘或紧急刹车，以免影响自动启停系统的正常工作。
检查自动空调设置：
确保自动空调系统设置正确，达到预设温度。
检查自动启停系统开关：
确认自动启停系统是否被误按关闭，如有误按，重新打开即可。
检查车辆挡位和手刹：
确保手动挡车辆在停车时挂入空挡并拉紧手刹。
如果以上方法都无法解决问题，建议到宝马4S店进行专业检查，通过解码仪读取故障码并进行相应的维修。