在MasterCAM中编程两个深孔，主要需要遵循以下步骤：
选择指令
FANUC系统提供了G73和G83两个指令用于深孔加工。G73为高速深孔往复排屑钻指令，G83为深孔往复排屑钻指令。
指令格式
G73指令格式为：G98G73X- Y- Z- R- Q- F。
G83指令格式为：G99G83X- Y- Z- R- Q- F。
其中，X、Y代表待加工孔的位置；Z代表孔底坐标值（若是通孔，则钻尖应超出工件底面）；R代表参考点的坐标值（R点高出工件顶面2~5mm）；Q代表每一次的加工深度；F代表进给速度（mm/min）；G98表示钻孔完毕返回初始平面；G99表示钻孔完时返回参考平面（即R点所在平面）。
参数设置
在MasterCAM中，钻孔参数设置对话框中需要设置的高度参数包括Clearance（安全高度）、Retract（参考高度）、Feedplane（下刀位置）、Top of stock（工件顶面）和Depth（切削深度）。
动作方式
深孔加工的动作是通过Z轴方向的间断进给，即采用啄钻的方式，实现断屑与排屑的。
自动编程方法
以MasterCAM V9为例，可以通过选择命令栏中的档案，取档命令打开相关练习文件，然后选择刀具路径，钻孔，限定半径命令，并选择所有图素，进入深孔钻-无啄钻对话框，并设置相关加工参数。
验证与后处理
完成相关加工参数的设置后，需要进行实体切削验证，选择命令栏中的刀具路径，操作管理命令进入操作管理员对话框，选择实体切削验证命令进入实体验证对话框，单击模拟按钮，完成实体切削验证的操作。
其他辅助功能
可以利用MasterCAM的自动编程软件进行快速选取和加工顺序的更改，以及通过特征钻孔快捷方便地确定加工孔的范围。
通过以上步骤，可以在MasterCAM中完成两个深孔的编程。建议在实际应用中，根据具体的工件尺寸和加工要求，仔细调整各项参数，以确保加工质量和效率。