碱基互补配对原则是指在DNA或某些双链RNA分子中，碱基之间的氢键具有固定的数目，并且DNA两条链之间的距离保持不变，导致碱基配对必须遵循一定的规律。具体来说：
腺嘌呤（A）一定与 胸腺嘧啶（T）配对；
鸟嘌呤（G）一定与 胞嘧啶（C）配对；
在RNA中，腺嘌呤（A）与 尿嘧啶（U）配对，胞嘧啶（C）与 鸟嘌呤（G）配对。
这些碱基间的配对关系是核酸分子中遗传信息传递的基础，对于DNA复制、转录、逆转录和翻译等生物学过程至关重要。