税收改革的程序通常包括以下几个步骤：
调研与方案设计
通过严密审计和调查取证，准确掌握税收制度中存在的问题和需要调整的部分。
在充分了解实际情况的基础上，进行测算、论证和比较分析，确定税收调整方法并拟定初步调整方案。
内部审议
将初步调整方案及相关材料交由内部相关科（室）和审议小组进行审议。
通过内部讨论和统一认识，形成主管税务机关的初步意见。
与企业协商
主管税务机关将经过审议的调整意见以书面或会谈形式与被调整企业进行协商。
企业可以提出异议，并提供相关证据资料。主管税务机关在接到资料后，应在规定时间内作出审议决定。
税收处理及税额调整的报批
调查审计人员根据审议决定，填写相关审批表格，报主管税务机关领导审批。
主管税务机关领导在接到审批表后，应在规定时间内完成审批。
审批通过后，调查审计人员应填制《转让定价应税收入或应纳税所得额调整通知书》及其附件，并书面通知被调整企业，同时办理签收手续。
这些步骤确保了税收改革的科学性和合理性，同时也保障了企业和税务机关的合法权益。通过这一系列的程序，可以确保税收改革能够顺利进行，并有效实施。