往来账款替代程序是审计工作中常用的一种程序，尤其在无法取得外部第三方回函确认的情况下。替代程序的目的是获取间接的充分证据证明经济事项的真实性。以下是一些常见的往来账款替代程序：
追踪交易过程
应收账款：如果函证无法收回，可以通过检查销售对应的订单、销售合同、发货单、签收单、发票等文件，核实余额认定的真实性。如果期后应收账款收回，也能作为期末应收账款余额认定的替代性程序。
应付账款：检查期后付款单据或与供应商的往来函件、其他记录，如入库单、订单、货物收讫凭证等。
获取内部资料
收集与客户交易相关的原始凭证、合同、发票、银行流水等资料。
执行替代测试程序
检查原始凭证：核对原始凭证的真实性、完整性和准确性。
装运凭证：检查货物的发运情况，装运凭证是商品确已装运发出的有力证据，因此它也是销售交易和应收账款存在或发生认定的另一种形式的证明。
款项的收回情况：抽查明细账贷方发生额，追查到其原始凭证。
询问销售部门有关人员：确定截止期末是否收到对方提出的关于任何数量或质量方面的异议及要求。
记录和评估
将替代测试的结果记录在审计工作底稿中，并评估测试结果是否支持审计结论。
建议
及时执行替代程序：在未能及时收到回函的情况下，及时执行替代程序可以保证审计质量。
全面检查：对重要账户同时执行函证和替代测试，以确保审计的全面性和准确性。
关注异常情况：在替代测试过程中，关注任何异常情况，如发票内容不一致、发运凭证缺失等，并及时记录和处理。
通过以上替代程序，注册会计师可以在无法依赖外部第三方回函的情况下，依然能够有效地验证往来账款的真实性和准确性。