剩余样本的审计程序主要包括以下步骤：
审计准备
编制审计项目计划，确定被审计单位，组成审计组，并提前3日送达审计通知书。
审计实施
对选取的每个项目，实施适合于具体审计目的的审计程序。如果选取的项目不适合实施审计程序，注册会计师通常使用应当针对替代项目实施该审计程序。
审计程序调整
如果由于原始单据丢失等原因，注册会计师可能无法对选取的抽样单元实施计划的审计程序，此时需要对审计程序进行调整，选择适当的替代程序进行审计。
审计报告
审计机关对审计组的审计报告进行审议，并对被审计对象对审计组的审计报告提出的意见一并研究后，提出审计机关的审计报告。对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，依法应当给予处理、处罚的，审计机关在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚的意见。
审计决定
对于违反国家规定的财政收支、财务收支行为，审计机关在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚的意见。
建议：
在进行审计程序时，注册会计师应确保选取的样本具有代表性，并针对每个样本实施适当的审计程序。
如果遇到无法实施原计划审计程序的情况，应及时调整审计程序，选择合适的替代方法，以确保审计结果的准确性和完整性。