南京飞香港的程序如下：
选择航班
南京有直飞香港的航班，飞行时间大约为2小时35分钟，票价多在690元左右。
另外，也可以选择从南京乘坐高铁到深圳，再从深圳乘坐大巴或火车进入香港。
准备证件
必须持有有效的港澳通行证和签注。通行证在公安局的办证大厅办理，签注费用和办理时间请咨询当地公安机关。
通关流程
在南京乘坐飞机到香港后，抵达香港西九龙站，实行“一地两检”的通关模式。在站内检票登车，无需离开车站即可完成出境手续。
在香港入境时，准备好通行证和身份证明，直接前往入境大厅，工作人员会对证件进行检查。
航班信息
例如，深圳航空每周三、周五、周日有南京往返香港的航班。去程航班号ZH8047，16:20从南京起飞，19:05抵达香港；回程航班号ZH8048，20:05从香港起飞，22:30抵达南京。
建议提前预订航班和通行证，以确保行程顺利。