在日本开店需要遵循以下程序：
市场调研与商业计划书
对目标市场进行深入调研，包括消费者需求、竞争状况、行业趋势等。
基于市场调研结果，制定详细的商业计划书，明确店铺的经营目标、财务预测、营销策略等。
公司注册
选择公司类型，如株式会社（KK）或合同会社（GK）。
提交注册资料，包括法人代表资料、公司名称、经营范围和注册资本（通常为500万日元）。
通过专业机构整理申请书，并在日本公证后递交日本法务局登记，大约需要20-30个工作日完成注册。
选址与租赁
根据目标市场和经营策略选择合适的商圈，如东京的新宿、涩谷，大阪的梅田、难波等。
考虑人流量、交通便利性、周边环境、租金等因素，确保选址能够最大化吸引客流。
与房东签订租赁合同，明确租赁期限、租金支付方式、违约责任等条款。
办理许可
向当地政府提交开业申请，并取得营业执照。
根据经营内容，可能需要办理食品安全、卫生、消防等特定行业许可。
店铺装修与设备采购
根据店铺定位和品牌形象进行装修设计，确保店铺环境符合目标顾客群体的喜好。
采购必要的经营设备，如货架、收银系统、冷藏设备等。
员工招聘与培训
招聘合适的员工，并进行必要的培训，确保他们了解店铺的运营流程和规章制度。
申请经营管理签证 （如适用）：
对于外国人来说，要在日本开公司、开商铺，需要申请经营管理签证、日本永驻签证或者日本国籍者才可以在日本开公司、开商铺。
其他申报
在公司登记完成后，还需要向公司所在地的税务署、地方政府、社会保险事务所、劳动基准监督署、公共职业安定所进行公司设立的申报。
建议在开店过程中，寻求专业的行政书士或律师的帮助，以确保所有手续和文件的准确性和合法性。