宝马刷程序导致报废的原因主要有以下几点：
活塞破碎：
有案例显示，通过刷写程序来改装宝马发动机可能会导致活塞破碎，最终使发动机报废。这种改装行为在保修期内甚至可能导致北京技术部直接拒赔。
加密程序限制：
有传闻称，宝马主机厂新增了加密程序，自2024年9月以后生产的宝马车型都不能刷ECU程序。虽然这一消息没有得到官方确认，但它反映了宝马在防止未经授权的改装方面可能采取了更严格的措施。
技术不精或无良商家：
改装过程中，如果遇到技艺不精的师傅或无良商家，可能会提供劣质、不靠谱或盗版的程序。这些程序可能不考虑车况和后果，盲目提升大数据，从而导致车辆提前报废。
非法修改或未经授权安装软件：
有些车主可能会对车辆的编程系统进行非法修改或擅自安装未经授权的软件，这也会导致车辆出现编程问题，甚至无法正常运行。
综上所述，宝马刷程序导致报废的原因主要包括技术操作不当、未经授权的改装、使用劣质或盗版程序等。建议车主在进行任何改装前，务必选择有资质和信誉的改装店，并确保改装过程符合相关法律法规，以保障车辆的安全和可靠性。