在Linux系统中，要完整删除一个程序及其所有相关文件，包括配置文件和依赖项，可以使用以下命令：
apt-get purge
该命令会彻底卸载软件包，包括软件包本身、配置文件和依赖项。
示例命令：`sudo apt-get purge packagename`。
dpkg --remove
该命令会移除软件包本身，但不会删除与软件包关联的配置文件和依赖项。
示例命令：`sudo dpkg --remove packagename`。
建议根据具体需求选择合适的命令。如果需要彻底删除程序及其所有相关文件，建议使用`apt-get purge`或`dpkg --remove`。如果只是想移除软件包而不删除配置文件，可以使用`apt-get remove`。