在审计过程中，可以使用函证程序的科目主要包括以下几类：
银行存款和 银行贷款科目，例如直接向对应银行发送“银行询证函”。
往来科目，包括 应收账款、 其他应收款、 应付账款、 其他应付款，以及内部关联往来科目。
借款，特别是银行和金融机构对企业的贷款情况。
预付款项和 预收款项。
存货，可能通过委托代管存货询证函进行函证。
预计负债和 或有负债。
关联方交易。
交易性金融资产、 应收票据、 其他应收款、 预付账款、 由其他单位代为保管、加工或销售的存货等。
函证是一种重要的审计程序，主要用于获取影响财务报表或相关披露认定的项目的信息。通过向第三方直接获取声明，可以评价审计证据的可靠性。在实施函证时，注册会计师需要综合考虑科目明细金额、账龄等因素抽取样本，并向对应的客户或供应商发送询证函。
建议在实际审计工作中，根据具体科目的特性和风险水平，选择适当的科目进行函证，以确保审计工作的有效性和充分性。