正当程序主要通过以下方式保障：
权力的制约：
正当程序以权力制约和权利本位为特征，通过权力的制约来实现实体权利。
人权保障：
正当程序保障人权的核心理念与我国正在进行的法治化道路相契合，其价值目标在于实现司法公正。
法律至上：
法治思维的特征包括法律至上，正当程序要求行政机关在行使权力时必须遵守法律，确保行政行为的合法性。
程序公正：
正当程序要求行政机关在作出决定前，应当给予受影响方充分表达意见和进行陈述的机会，这体现了程序公正的原则。
公开透明：
正当程序要求行政机关的决策过程应当公开透明，确保公众能够了解并监督行政行为的实施。
参与和申辩：
正当程序保障当事人有权进行陈述和申辩，行政机关必须充分听取当事人的意见，并对当事人提出的事实、理由和证据进行复核。
解决纠纷：
正当程序通过提供公正的解决纠纷机制，保护公民、法人和其他组织的合法权益不受公权力主体滥权、恣意行为的侵犯。
综上所述，正当程序通过权力的制约、人权保障、法律至上、程序公正、公开透明、参与和申辩以及解决纠纷等多种方式来实现对实体权利的保障。这些原则和方法共同构成了正当程序的核心内容，确保行政和司法行为的合法性、公正性和透明度。