内审的主要程序包括以下几个阶段：
审计计划
根据上级部署和本单位具体情况，拟订审计工作计划，报经本单位领导批准后，制订审计方案，进行审计工作。
内部审计机构应该结合组织战略和组织年度工作目标，充分考虑组织重大的风险因素以及高级管理层的需要，并统筹一定的审计资源，对年度审计项目进行规划。
准备阶段
确定重要性与审计风险，充分考虑被审计单位经营活动和内部控制中可能存在的差异和漏洞的严重程度。
编制审计方案，对审计工作做出合理安排。
发出审计通知书，通知被审计单位审计时间、审计目标、审计范围以及被审计单位应当事先准备的资料等事项。
实施阶段
进行实地检查、数据分析、访谈等，以收集证据并评估被审计单位的内部控制有效性和业务流程的合规性。
运用座谈、检查、抽样和分析性程序等审计方法，获取充分、相关、可靠的审计证据，以支持审计结论和审计建议。
报告阶段
根据审计发现编制审计报告，报告中会详细说明审计过程、发现的问题、风险评估结果以及建议的改进措施。
在征求被审计单位的意见后，报送本单位领导，重要的应同时报送同级国家审计机关。
后续审计
对重大审计事项作出的处理决定，须报经本单位领导批准。
审计报告发布后，内部审计团队会跟踪被审计单位对审计建议的实施情况，确保问题得到妥善解决，并对改进措施的有效性进行评估。
归档与监督
归档审计档案，确保审计记录的完整性和可追溯性。
对被审计单位对处理决定如有异议，可在规定时间内提出申诉，并对申诉进行处理。
这些程序共同构成了内部审计的完整流程，从计划到实施，再到报告、后续跟踪和归档，确保审计工作的有效性和质量。