阉鸡的防疫程序包括以下步骤：
前期准备
出栏后3-5日内彻底清洗栏舍和用具，并用消毒剂喷洒和浸泡消毒。舍外场地用生石灰粉泼洒消毒，保持鸡舍周边长期处于白色状态。
栏舍空置期要进行三次以上消毒措施，包括栏舍和用具的熏蒸消毒及地面消毒。
疫苗接种
新支（H120）二联苗：1.5头份/只，喷雾，在1-5日龄进行。
开口乐+868营养快线或黄芪多糖：饮水，在5-6日龄进行。
杆天剑：拌料，集中顿服，在7-11日龄进行。
868营养快线：拌料，集中顿服，在8日龄进行。
法氏囊疫苗：在9日龄进行肌肉注射。
喉豆苗：在35日龄进行肌肉注射，预防喉气管炎与鸡豆。
新支流三联苗：在43日龄进行肌肉注射，预防鸡瘟、气管炎、关节炎。
禽流感疫苗：在57日龄进行肌肉注射。
禽霍乱疫苗：在67日龄进行肌肉注射。
术后护理
阉割完后必须让小鸡能喝上水，停料5个小时，防止小鸡因采食过多造成伤口不易愈合。合理控制饮水，可以采取少喂勤添，逐步过渡。
阉前1天和阉后2天，在饲料或饮水中加入千分之二维生素C或万分之三维生素K3和抗菌消炎药，以减少应激性疾病和阉口发炎。
观察与处理
阉鸡前后要观察鸡群的健康状况，如呼吸道的轻重、采食量大小、弱鸡比例、鸡群粪便等。如果鸡群中有呼吸道症状，应暂停阉鸡，因为气囊不好，容易导致继发感染。
阉鸡前在饲料中添加VK3，减少出血，饮水中添加多维和抗应激药物，提高机体抵抗力。
通过以上步骤，可以有效降低阉鸡在饲养过程中的疾病发生率，提高成活率，确保鸡群健康上市。